「國立故宮博物院南部院區」於2015年底開館試營運，具體落實政府對全體民眾，特別是南部鄉親的承諾。故宮南院籌建計畫從萌芽到實踐，逾十五載，歷經陳水扁與馬英九兩位總統，杜正勝、石守謙、林曼麗、周功鑫及馮明珠五位院長。

2001年7月杜正勝前院長提出「故宮新世紀建設計畫」，其中即包括南院籌建規畫，2003年元月選定嘉義縣太保市70公頃土地作為南院基地，2004年12月15日行政院核定故宮南院籌建計畫，原定2008年開館營運，惟因陷入履約爭議，工程停滯。2007年8月30日林曼麗前院長進行第一次修訂計畫，將開館時間延長至2011年。2011年8月8日莫拉克風災帶來超大豪雨，當時博物館周邊水利工程尚未完竣，導致故宮南院基地全面淹沒，博物館建築設計等契約一一被迫終止。

2010年10月22日在周功鑫前院長帶領下，完成「國立故宮博物院南部院區籌建第二次修正計畫」，行政院核定2015年底開館試營運，博物館硬體工程委由內政部營建署代辦，博物館裝潢工程、策畫展覽、美術設計、各類軟體規劃及50公頃園區景觀營造等，則由本院自辦，重新啟動，故宮南院籌建計畫始有突破性進展。2013年2月6日主體建築動土興建；2014年6月5日上樑，工程進度順利，終於在2015年12月28日如期開館試營運，達成國家賦予國立故宮博物院的使命。